Ngài Thám Tử Lại Bị Giết kể về Sakuya Otsuki là con trai của một thám tử huyền thoại, nối nghiệp cha cùng với trợ lý Lilithea. Tuy nhiên, cậu học sinh trung học này lại có điều gì đó khác biệt. Bất cứ nơi nào cậu đến, cậu luôn tự mình vướng vào các vụ án (với tư cách là nạn nhân của một vụ giết người). Khi Sakuya được giao nhiệm vụ thâm nhập vào một du thuyền hạng sang, cậu lại một lần nữa bị giết. Nhưng mỗi khi tỉnh lại, Lilithea luôn ở bên cạnh cậu, sẵn sàng giúp cậu tìm ra sự thật đằng sau vụ án.